ಶ್ರೀ ಸಂಸ್ಥಾನದ ಇನ್ನೊಂದು ದೊಡ್ಡ ಆಕರ್ಷಣೆ ನೆಲವನ್ನು ಕೊರೆದು ಸುಂದರವಾಗಿ ನಿರ್ಮಿಸಿದ ನಿತ್ಯಾನಂದ ಗುಹೆ. ಮುನಿ ಸಮರ್ಥ ಶ್ರೀ ಶ್ರೀ ವಿವೇಕಾನಂದ ಮುನಿಗಳ ಅವರ ದಿವ್ಯ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ  ಸುಬ್ರಹ್ಮಣ್ಯ ಮಠದ ಅಂದಿನ ಯತಿಗಳಾಗಿದ್ದ ಶ್ರೀ ವಿದ್ಯಾಭೂಷಣ ತೀರ್ಥ ಸ್ವಾಮೀಜಿ ಅವರು ಈ ಗುಹೆಯನ್ನು ಲೋಕಾರ್ಪಣೆ ಮಾಡಿದ್ದರು.

ನಿತ್ಯಾನಂದ ಗುಹೆಯಲ್ಲಿ ಏಕಾಂತದಲ್ಲಿದ್ದು, ಧ್ಯಾನ, ತಪಸ್ಸು, ಚಿಂತನೆ ಮಾಡಲು ಅನುಕೂಲವಾಗುವಂತಹ ಪ್ರಶಾಂತ ತಾಣಗಳ ನಿರ್ಮಾಣವಾಗಿದೆ. ಗಾಳಿ, ಬೆಳಕಿಗೆ ಇಲ್ಲಿ ತೊಡಕಿಲ್ಲ. ಒಬ್ಬರು ನಿರಾಯಾಸದಿಂದ ಕುಳಿತು ಧ್ಯಾನ, ತಪಾಚರಣೆ ಮಾಡಬಹುದು. ಈ ಗುಹೆಯ ತಲಭಾಗಕ್ಕೆ  ಕಿವಿಗೊಟ್ಟಾಲಿಸಿದರೆ ‘ಓಂ’ಕಾರ ಪ್ರತಿ ಧ್ವನಿಸುತ್ತದೆ. ಗುಹೆಯೊಳಗೆ ಸೆಖೆÉ ಚಳಿಯ ಅನುಭವ ಇಲ್ಲ. ಏಕಾಗ್ರತೆಯ ಅಧ್ಯಯನಕ್ಕೂ ಇದು ಅನುಕೂಲಕರವಾಗಿದೆ. 

ಜನವರಿ 28, 2007ರಲ್ಲಿ ನಿತ್ಯಾನಂದ ಗುಹೆಯಲ್ಲಿ ಪಂಚಮುಖಿ ಆಂಜನೇಯ ಸ್ವಾಮಿ, ಮಹಾಗಣಪತಿ ಮತ್ತು ವಜ್ರಮಾತೆಯ ಬಿಂಬಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಷ್ಠೆ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಬಿಂಬ ಪ್ರತಿಷ್ಠಿತವಾದ ಶ್ರೀ ಸಂಸ್ಥಾನದ ವಿಸ್ಕøತ ಗುಹಾಲಯವನ್ನು ಶ್ರೀ ಸುಬ್ರಹ್ಮಣ್ಯ ಮಠಾಧೀಶರಾದ ಶ್ರೀ ವಿದ್ಯಾಪ್ರಸನ್ನ ಶ್ರೀಪಾದರು ಉದ್ಘಾಟಿಸಿದರು.

ಗುಹೆಯ ಒಂದು ಕವಲಿನಲ್ಲಿ ಪುಟ್ಟ ಜಲಾಶಯವಿದೆ. ಆಗ್ನೇಯ ಭಾಗದಲ್ಲಿ ಕಂಗೊಳಿಸುವ ‘ಹನುಮಗಂಗೆ’, ನೈರುತ್ಯ ಭಾಗದಲ್ಲಿ ‘ಗುಪ್ತಗಂಗೆ’ ಈಶಾನ್ಯದಲ್ಲಿರುವ ತೀರ್ಥಭಾವಿಗಳು ಶ್ರೀಗಳ ದಿವ್ಯ ಚಿಂತನಾ ದೃಷ್ಟಿಯಿಂದ ಸಾಕಾರಗೊಂಡಿದೆ. ನಮಸ್ಕಾರ ಮಂಟಪದ ಅತ್ತಿ ಮರದ ಅಡಿಭಾಗದವರೇಗೂ ಮೂರು ಕವಲುಗಳಾಗಿ ಈ ಗುಹೆಯ ನಿರ್ಮಾಣ ಕಾರ್ಯ ಜರಗಿದೆ. ಸುಮಾರು ನಾಲ್ಕು ಅಡಿ ಎತ್ತರ ಎರಡುವರೆ ಅಡಿ ಅಗಲದ ಸ್ಥಳಾವಕಾಶ ವಿರಿಸಿ ಏಕಾಂತ ಧ್ಯಾನ, ಪಠಣ, ಅಧ್ಯಯನಕ್ಕೆ ಒಬ್ಬೊಬ್ಬರು ಕುಳಿತು ಕೊಳ್ಳುವಂತೆ ಗುಹೆಯ ಕವಲು ಮಾರ್ಗಗಳಲ್ಲಿ ಸುರಂಗ ಧ್ಯಾನ ಪೀಠಗಳನ್ನು ಕೊರೆಯಲಾಗಿದೆ. ಆದರೆ ಸಾರ್ವಜನಿಕರು ಬಹು ಮಂದಿ ಏಕಕಾಲಕ್ಕೆ ಇದರೊಳಗೆ ಪ್ರವೇಶಿಸುವಂತಿಲ್ಲ. ಪೂರ್ವಾನುಮತಿ ಪಡೆದು ಗುಹೆಯ ದರ್ಶನ ಮಾಡಬಹುದು.

ಆರಾಧನಾ ಕ್ಷೇತ್ರವೊಂದು ಪ್ರೇಕ್ಷಣೀಯ ತಾಣವಾಗಿ ಹೇಗೆ ರೂಪುಗೊಳ್ಳುತ್ತಿದೆ ಎನ್ನುವುದಕ್ಕೆ ಶ್ರೀ ಸಂಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ನಿರ್ಮಾಣಗೊಂಡ ವಿವಿಧ ವಿಶಿಷ್ಟ ರಚನೆಗಳು ಸಾಕ್ಷಿ.