ಶ್ರೀ ಸಂಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ನಿರ್ಮಾಣಗೊಂಡಿರುವ ಕೃಷ್ಣ ಶಿಲೆಯ ಗರ್ಭಗುಡಿ ಗೋಪುರ ಮೂವತ್ತೈದು ಅಡಿಗಳಷ್ಟು ಎತ್ತರವಾಗಿದೆ. ವಿಶೇಷವಾದ ಪದ್ಮ ಪೀಠದಿಂದ ಈ ವಿಶಿಷ್ಠ ಗೋಪುರ ಮೇಲೇರಿ ಬಂದಿದೆ.

ತಮಿಳುನಾಡಿನ ಕಾರೈಕುಡಿ ಎಂಬಲ್ಲಿ ಶಿಲಾ ಕೆತ್ತನೆಯನ್ನು ಹಲವು ಮಂದಿ ಶಿಲ್ಪ ಕಲಾ ನಿಪುಣರು ನಿರ್ವಹಿಸಿ, ಸುಮಾರು 48 ದಿನ ಶ್ರೀ ಸಂಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ನೂರಾರು ಶಿಲ್ಪಿಗಳು ಗರ್ಭಗುಡಿಯ ಮುಕ್ತಾಯದ ಕೌಶಲವನ್ನು ಮಾಡಿ ಶಿಲಾಮಯ ಗರ್ಭಗುಡಿಯನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಶಿಲಾಮಯ ಗರ್ಭಗುಡಿ ಹೊಯಿಸಳರ ವಾಸ್ತು ಶಿಲ್ಪ ಶೈಲಿಯ ವೇಸರ ಶಿಲ್ಪ ಶೈಲಿಯಲ್ಲಿದೆ. ಆಕಾರ ವೈವಿಧ್ಯದಲ್ಲಿ ಅಷ್ಟಾಸ್ರ ಪ್ರಾಸಾದವಾಗಿ ಕಂಗೊಳಿಸುತ್ತಿದೆ.

ಖ್ಯಾತ ಸ್ಥಪತಿ ದಕ್ಷಿಣಾಮೂರ್ತಿ ಅವರು ಈ ನಿರ್ಮಾಣದ ನೇತೃತ್ವ ವಹಿಸಿದ್ದರು. ಅವರು ಈ ಹಿಂದೆ ಶ್ರೀ ಸಂಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ಸುತ್ತುಗೋಪುರ, ನಮಸ್ಕಾರ ಮಂಟಪದ ಕಾಮಗಾರಿಯನ್ನು ಮಾಡಿದ್ದರು. ದಕ್ಷಿಣಾಮೂರ್ತಿ ಅವರು ಶ್ರೀ ಸಂಸ್ಥಾನಕ್ಕೆ ಐದು ಅಡಿ ನಾಲ್ಕು ಇಂಚು ಎತ್ತರದ ಕೃಷ್ಣ ಶಿಲೆಯಿಂದ ರೂಪು ತಳೆದ ಆಂಜನೇಯ ವಿಗ್ರಹವನ್ನು ಕೊಡುಗೆಯನ್ನಾಗಿ ನೀಡಿದ್ದಾರೆ.

ನೂತನ ಶಿಲಾಮಯ ಗರ್ಭ ಗುಡಿಯಲ್ಲಿ ಒಂದು ಅಡಿ ಒಂದು ಇಂಚು ಎತ್ತರದ ಸ್ಪಟಿಕದ ದತ್ತಾತ್ರೇಯ ವಿಗ್ರಹವನ್ನು 21-2-2001ರಂದು ಪ್ರತಿಷ್ಠೆಗೊಳಿಸಿದಾಗಲೇ ಕೃಷ್ಣ ಶಿಲೆಯ ಆಂಜನೇಯ ವಿಗ್ರಹವನ್ನು ಪ್ರತಿಷ್ಠೆ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಋಷಿ ಸಂಪ್ರದಾಯ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಷ್ಠಾ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಗಳು ಜರಗಿದೆ. ಹನ್ನೆರಡು ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ಯಾವ ಮುಹೂರ್ತದಲ್ಲಿ ಶ್ರೀ ಸಂಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಷ್ಠಾ ವಿಧಿಗಳು ನಡೆದವೋ ಅದೇ ಮುಹೂರ್ತ ಕಾಲದಲ್ಲಿ ನೂತನ ಶಿಲಾಮಯ ಗರ್ಭಗುಡಿಯಲ್ಲಿ ಪುನಃ ಪ್ರತಿಷ್ಠೆ ಜರಗಿದ್ದು ಗುರುಸಂಕಲ್ಪವೇ ಸರಿ. ಶ್ರೀ ಸಂಸ್ಥಾನದ ರಾಜಗೋಪುರ ಹತ್ತು ಹಲವಾರು ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯತೆಗಳೊಂದಿಗೆ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಆಕರ್ಷಿಸಲ್ಪಡುತ್ತದೆ.